pubchem-mcp-server

Search PubChem compounds, properties, safety data, bioactivity, and cross-references.

От сообществаРаботаетБез входаГлобальныйБесплатноТолько чтение

Что умеет

    Какие данные видит

    Нужен ли аккаунт

    Не нужен: сервер работает без входа

    Search PubChem compounds, properties, safety data, bioactivity, and cross-references.

    Как подключить

    Как подключить pubchem-mcp-server к Claude

    Адрес сервера, который нужно вставить в настройках Claude:

    https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

    1. Откройте Claude (сайт claude.ai или приложение для компьютера).
    2. Перейдите в Настройки → Коннекторы (в английском интерфейсе: Settings → Connectors).
    3. Нажмите Добавить пользовательский коннектор (Add custom connector).
    4. Вставьте адрес сервера, скопированный ниже, в поле URL удалённого MCP-сервера и нажмите Добавить.
    5. В чате нажмите + → Коннекторы и включите новый коннектор.

    Пользовательские коннекторы доступны на тарифах Free, Pro, Max, Team и Enterprise. На Free можно добавить только один. В Team и Enterprise коннектор сначала добавляет владелец организации в Настройки организации → Коннекторы.

    Авторизация

    После нажатия Добавить откроется окно входа в сервис. Войдите под своим аккаунтом и подтвердите доступ. Пароль Claude не видит.

    Как подключить pubchem-mcp-server к ChatGPT

    Адрес сервера, который нужно вставить в настройках ChatGPT:

    https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

    1. Откройте ChatGPT в браузере (chatgpt.com). Нужен тариф Plus, Pro, Business, Enterprise или Edu.
    2. Один раз включите режим разработчика: Настройки → Приложения → Дополнительные настройки → Режим разработчика (Settings → Apps → Advanced settings → Developer mode).
    3. Откройте Настройки → Коннекторы и нажмите Создать (Create).
    4. Заполните форму: Название (любое), Описание (одна фраза, что делает сервис), URL MCP-сервера (скопируйте ниже).
    5. В поле Аутентификация выберите OAuth, если сервис требует вход, иначе Нет. Нажмите Создать.
    6. В новом чате откройте + → Приложения/Коннекторы и включите коннектор.

    Название раздела у OpenAI менялось (Connectors → Apps/Plugins). Если пункт называется иначе, ищите «режим разработчика» в настройках. В рабочих пространствах Business/Enterprise администратор должен разрешить пользовательские коннекторы.

    Авторизация

    При первом использовании ChatGPT откроет окно входа в сервис. Войдите и подтвердите доступ.

    Как подключить pubchem-mcp-server к Cursor

    Адрес сервера, который нужно вставить в настройках Cursor:

    https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

    Быстрый способ: нажмите кнопку Открыть в Cursor ниже, Cursor сам предложит добавить сервер.

    Вручную:

    1. В Cursor откройте Settings → Cursor Settings → MCP и нажмите Add new global MCP server.
    2. Вставьте JSON, скопированный ниже, в открывшийся файл ~/.cursor/mcp.json (для одного проекта: .cursor/mcp.json в корне проекта).
    3. Сохраните файл. Сервер появится в списке MCP; при необходимости пройдите авторизацию по кнопке рядом с ним.

    Авторизация

    Если сервис требует вход, рядом с сервером в списке MCP появится кнопка авторизации.

    Список инструментов сервера (10)

    Технические названия из tools/list. Нужны только разработчикам.

    pubchem_search_compoundsSearch PubChem for chemical compounds by identifier (name, SMILES, or InChIKey, batched up to 25), molecular formula in Hill notation, substructure or superstructure containment, or 2D Tanimoto similarity. Returns a page of CIDs — reach matches past maxResults with offset. Optionally hydrate results with properties to avoid a follow-up pubchem_get_compound_details call.
    pubchem_get_compound_detailsGet detailed compound information by CID. Returns physicochemical properties (molecular weight, SMILES, InChIKey, XLogP, TPSA, etc.), optionally with a textual description (pharmacology, mechanism, therapeutic use), known synonyms, drug-likeness assessment (Lipinski/Veber rules), and/or pharmacological classification (FDA classes, MeSH classes, ATC codes). Accepts up to 100 CIDs per call.
    pubchem_get_compound_imageFetch a 2D structure diagram (PNG image) for a compound by CID.
    pubchem_get_compound_3d_structureGet a compound's default 3D conformer — atomic coordinates and bonds — for one CID. format="json" (default) returns atoms and bonds parsed into structured fields; format="sdf" returns the raw V2000 SDF text for passthrough to docking, rendering, or conformer tools. Optionally lists alternate conformer IDs. Not every compound has computed 3D coordinates (large molecules, mixtures, and some salts do not).
    pubchem_get_compound_xrefsGet external database cross-references for a compound: PubMed citations, patent IDs, gene/protein associations, registry numbers, and taxonomy IDs. Results are paged per type — capped at maxPerType with the total count reported; reach the IDs past a page with offset.
    pubchem_get_compound_safetyGet GHS (Globally Harmonized System) hazard classification and safety data for one or more compounds by CID. Returns signal word, pictograms, hazard statements (H-codes), and precautionary statements (P-codes) per compound. Data sourced from PubChem depositors — source attribution included.
    pubchem_get_bioactivityGet a compound's bioactivity profile: which assays tested it, activity outcomes (Active/Inactive/Inconclusive), target identifiers (NCBI Gene ID, UniProt/GenBank accession), and quantitative values (IC50, EC50, Ki, etc.). Filter by outcome and/or a specific molecular target (NCBI Gene ID or protein accession) to focus the profile — e.g. "is this compound active against target T?".
    pubchem_get_compound_interactionsGet a compound's interaction data: drug-drug interactions (DrugBank), drug-food interactions, and chemical-target interactions (binding/activity from BindingDB, ChEMBL, and others). Each entry carries its originating source. Results are paged per kind, with the source-record total and the next offset reported for each. Richest for approved drugs; many compounds have no deposited interaction records.
    pubchem_search_assaysFind PubChem bioassays associated with a biological target. Search by gene symbol (e.g. "EGFR"), protein name, NCBI Gene ID, or UniProt accession. Returns a page of assay IDs (AIDs) — page past maxResults with offset — which can be explored further with pubchem_get_summary.
    pubchem_get_summaryGet descriptive summaries for PubChem entities by ID. Supports assays (AID), genes (Gene ID), proteins (UniProt accession), and taxonomy (Tax ID). Up to 10 per call.