gnomad-genetics-mcp-server

Human population genetics over gnomAD — variant allele frequencies by ancestry, gene loss-of-function constraint, and per-gene variant lists with ClinVar…

От сообществаРаботаетБез входаГлобальныйБесплатноТолько чтение

Что умеет

  • Gnomad Get Variant: Fetch the full gnomAD population record for one or more variants — allele count/number/frequency overall and broken down per genetic-ancestry group, homozygote and hemizygote count
  • Gnomad Get Gene Constraint: Fetch gnomAD loss-of-function constraint for a gene — pLI (probability of LoF intolerance; >0.9 intolerant), LOEUF (oe_lof_upper, the headline metric; <0.6 intolerant in v4
  • Gnomad List Gene Variants: List every gnomAD variant in a gene, transcript, or region with allele frequencies and predicted consequences, optionally filtered to one consequence class (lof, missense, s

Какие данные видит

Нужен ли аккаунт

Не нужен: сервер работает без входа

Human population genetics over gnomAD — variant allele frequencies by ancestry, gene loss-of-function constraint, and per-gene variant lists with ClinVar significance.

Как подключить

Как подключить gnomad-genetics-mcp-server к Claude

Адрес сервера, который нужно вставить в настройках Claude:

https://gnomad-genetics-mcp-server--cyanheads.run.tools

  1. Откройте Claude (сайт claude.ai или приложение для компьютера).
  2. Перейдите в Настройки → Коннекторы (в английском интерфейсе: Settings → Connectors).
  3. Нажмите Добавить пользовательский коннектор (Add custom connector).
  4. Вставьте адрес сервера, скопированный ниже, в поле URL удалённого MCP-сервера и нажмите Добавить.
  5. В чате нажмите + → Коннекторы и включите новый коннектор.

Пользовательские коннекторы доступны на тарифах Free, Pro, Max, Team и Enterprise. На Free можно добавить только один. В Team и Enterprise коннектор сначала добавляет владелец организации в Настройки организации → Коннекторы.

Авторизация

После нажатия Добавить откроется окно входа в сервис. Войдите под своим аккаунтом и подтвердите доступ. Пароль Claude не видит.

Как подключить gnomad-genetics-mcp-server к ChatGPT

Адрес сервера, который нужно вставить в настройках ChatGPT:

https://gnomad-genetics-mcp-server--cyanheads.run.tools

  1. Откройте ChatGPT в браузере (chatgpt.com). Нужен тариф Plus, Pro, Business, Enterprise или Edu.
  2. Один раз включите режим разработчика: Настройки → Приложения → Дополнительные настройки → Режим разработчика (Settings → Apps → Advanced settings → Developer mode).
  3. Откройте Настройки → Коннекторы и нажмите Создать (Create).
  4. Заполните форму: Название (любое), Описание (одна фраза, что делает сервис), URL MCP-сервера (скопируйте ниже).
  5. В поле Аутентификация выберите OAuth, если сервис требует вход, иначе Нет. Нажмите Создать.
  6. В новом чате откройте + → Приложения/Коннекторы и включите коннектор.

Название раздела у OpenAI менялось (Connectors → Apps/Plugins). Если пункт называется иначе, ищите «режим разработчика» в настройках. В рабочих пространствах Business/Enterprise администратор должен разрешить пользовательские коннекторы.

Авторизация

При первом использовании ChatGPT откроет окно входа в сервис. Войдите и подтвердите доступ.

Как подключить gnomad-genetics-mcp-server к Cursor

Адрес сервера, который нужно вставить в настройках Cursor:

https://gnomad-genetics-mcp-server--cyanheads.run.tools

Быстрый способ: нажмите кнопку Открыть в Cursor ниже, Cursor сам предложит добавить сервер.

Вручную:

  1. В Cursor откройте Settings → Cursor Settings → MCP и нажмите Add new global MCP server.
  2. Вставьте JSON, скопированный ниже, в открывшийся файл ~/.cursor/mcp.json (для одного проекта: .cursor/mcp.json в корне проекта).
  3. Сохраните файл. Сервер появится в списке MCP; при необходимости пройдите авторизацию по кнопке рядом с ним.

Авторизация

Если сервис требует вход, рядом с сервером в списке MCP появится кнопка авторизации.

Список инструментов сервера (7)

Технические названия из tools/list. Нужны только разработчикам.

gnomad_get_variantFetch the full gnomAD population record for one or more variants — allele count/number/frequency overall and broken down per genetic-ancestry group, homozygote and hemizygote counts, quality flags, transcript consequence, in-silico predictor scores, and joined ClinVar clinical significance. The "how common, is it benign" answer in one call. Accepts a batch of up to 25 IDs (chrom-pos-ref-alt or rsID) with per-item partial success: a malformed or absent ID lands in failed[] without failing the others. An empty found[] for a well-formed ID means the variant is not in the chosen dataset — pair with gnomad_get_coverage to confirm the position is callable before concluding true absence.
gnomad_get_gene_constraintFetch gnomAD loss-of-function constraint for a gene — pLI (probability of LoF intolerance; >0.9 intolerant), LOEUF (oe_lof_upper, the headline metric; <0.6 intolerant in v4, <0.35 in v2) plus its lower bound, observed/expected ratios for LoF, missense, and synonymous variation, and the three Z-scores. This is the orthogonal axis to allele frequency: a loss-of-function variant matters far more in a gene intolerant to being broken. Accepts an HGNC symbol (PCSK9) or an Ensembl gene ID (ENSG00000169174). Many genes have null constraint (sparse upstream) — null fields are reported as such, never fabricated. v4 constraint is flagged beta by the gnomAD team; constraint_flags surfaces any caveats. Echoes the effective dataset and reference build.
gnomad_list_gene_variantsList every gnomAD variant in a gene, transcript, or region with allele frequencies and predicted consequences, optionally filtered to one consequence class (lof, missense, synonymous, other) and/or a maximum allele frequency. The full result is staged on a DataCanvas table named gene_variants and an inline preview is returned alongside canvas_id and table_name — run gnomad_dataframe_query against them to rank by AF, count by consequence, or group across the complete set rather than the preview. When the canvas is disabled (CANVAS_PROVIDER_TYPE != duckdb) the tool returns a capped inline preview with spilled=false and canvas_id empty; the SQL path is then unavailable. Supply exactly one of gene, transcript_id, or region. Echoes the effective dataset and build.
gnomad_get_coverageFetch gnomAD sequencing-coverage summary across a gene, transcript, or region — mean and median read depth, plus the mean fraction of samples covered at each depth threshold (1× through 100×), separated by exome and genome track. Use this to disambiguate a true absent variant from an uncallable position: a variant missing from a well-covered region is informative, while one missing from a poorly-covered region is not. Supply exactly one of gene, transcript_id, or region. The optional coverage_source narrows to one track; by default both available tracks are returned. Echoes the effective dataset and build.
gnomad_search_clinvarSearch ClinVar (NCBI E-utilities) for a gene and return its classified variants — clinical significance, review status with a 0–4 star rating, associated conditions, molecular consequences, and submission counts — turning the variant-level significance gnomAD joins into a gene-panel curation view. Optionally filter by clinical_significance (e.g. pathogenic) and a minimum star rating. The full set is staged on a DataCanvas table named clinvar_variants with an inline preview; query it with gnomad_dataframe_query to rank or count across the complete set. Keyless, but honors NCBI_API_KEY for a higher rate limit. When the canvas is disabled the tool returns a capped inline preview with spilled=false. Credit: ClinVar, NCBI.
gnomad_dataframe_queryRun a read-only SQL SELECT against a canvas table staged by gnomad_list_gene_variants (table gene_variants) or gnomad_search_clinvar (table clinvar_variants). Use the canvas_id and table_name those tools returned to rank by allele frequency, group by consequence class, count loss-of-function variants, or filter the full set the inline preview only sampled. SELECT statements only — writes, DDL, and file/HTTP table functions are rejected by the canvas gate. Call gnomad_dataframe_describe first to discover staged table and column names.
gnomad_dataframe_describeList the tables staged on a canvas and their columns (name and type) so you can write correct SQL for gnomad_dataframe_query. Use the canvas_id returned by gnomad_list_gene_variants or gnomad_search_clinvar. Returns one entry per table with its row count and column schema.
gnomad-genetics-mcp-server: подключить к Claude, ChatGPT, Cursor · Connectors.fun